Boruto je situován do poválečné doby. Hrdinové z Naruto Shippuden založili rodiny a v Borutovi se dozvíme o příbězích této nové generace. Děj začíná, když jsou ve věku pro vstup do Akademie. Hlavním hrdinou je Boruto, který se chce stát silným ninjou a prosadit si svoji cestu, nerad by šel v šlépějích svého otce.

Holka, kterou tajně vychovali roboti, odhaluje temná tajemství nádherného utopického světa, ve kterém po lidstvu nezbyly skoro žádné stopy.

Příslušníci několika generací rodiny Joestarů, kteří mají všichni stejnou přezdívku, bojují v několika časových rovinách proti zlým nadpřirozeným sílám.

Wisteria je sirotek žijící v Anglii 19. století. Její dosavadní život byl tragický, kdy otec představený ze sirotčince, kde Wisteria žila, dívenku nutil k žebrání na ulici, a nakonec měl v plánu ji prodat šlechtici, který se vyžívá v týrání dětí. Poslední dny v sirotčinci však nebyly až tak strašné, protože dívka potkala Marbase, mocného démona, který ji každý večer navštěvoval a vyprávěl jí kouzelné příběhy, které během svého nesmrtelného života zažil. Wisteria je jediná, kdo démona vidí, protože již odmalička měla zvláštní dar. Když se dívenka dozvěděla, jaký osud si pro ni otec představený připravil, tak prosila Marbase, aby ji odvedl, ten se však podle zákona démonů nesmí do záležitostí lidí vměšovat, natož je chránit, jedinou výjimkou je situace, kdy člověk uzavře s démonem pakt, během kterého mu daruje to nejcennější, co má, zpravidla duši.

Lawrence je potulný obchodník, který prodává různé zboží z vozu taženého koňmi. Jednoho dne přijede do vesnice a potká krásnou dívku se zvířecíma ušima a ocasem! Jmenuje se Holo Wisewolf a přináší bohatou úrodu. Přeje si vrátit se do své vlasti a Lawrence jí nabídne, že se jí ujme. Nyní se kdysi osamělý obchodník a kdysi osamělá vlčice vydávají na cestu na sever.