Youko Nakajima je taková normální středoškolačka, snažící se žít podle představ svých rodičů. Něco s ní ale není v pořádku - často se cítí divně a je náladová. Ovšem co je zdrojem jejího neklidu nedokáže říct ani ona sama. Jednoho dne se po vyučování v její třídě objeví muž, který se představí jako Keiki, a s pokleknutím ji slíbí oddanou službu. Zdá se ale, že tahle návštěva nebude ten den jediná. Odnikud se vynoří záhadné létající příšery, které okamžitě na Youku zaútočí. Naštěstí je zde Keiki, který s nimi začne bojovat. Zmatená Youko při boji ztratí vědomí a když se probere, leží sama na břehu neznámé země s hlavou plnou útržkovitých vzpomínek. Kde je a jak se sem dostala? Jak se dostane zpět? Nezdá se jí to celé? Na všechny tyto otázky musí najít odpověď. Dvanáct království je anime seriál čerpající ze stejnojmeného souboru románů a sbírky fantasy povídek, tedy nikoli z mangy, jak je u těchto seriálů jinak běžné. Ačkoli seriál i předlohy jsou japonského původu, zřízení světa dvanácti království a bytosti, které ho obývají, stejně jako velké části děje, vycházejí převážně z čínské mytologie. Přesto nebo možná právě proto patří tento seriál k nejuznávanějším v daném žánru.

Mladý a velmi schopný neurochirurg Kenzo Tenma má jedné noci operovat chlapce postřeleného do hlavy. O něco později je do Dusseldorfské nemocnice přivezen významný pacient a ředitel nemocnice nařídí aby jej operoval místo chlapce. Téměř současně je hospitalizována dívka, chlapcovo dvojče, která je v šoku, patrně proto, že jejich rodiče byli zastřeleni. Dr. Tenma pamětliv rovnosti lidského života neuposlechne ředitele a chlapce operuje. To má za následek velmi neblahé události. Že je za neposlušnost potrestán a opustí ho jeho snoubenka (dcera ředitele nemocnice) není ani z daleka tak zlé. To že se následně stane podezřelý a hledaný za vraždu dvou kolegů a nespravedlivého ředitele už je horší. Nejhorší je, že se díky výkonu svého povolání zapletl s Nestvůrou která nemá jméno. Ona bytost přináší smrt a strach. Naštěstí nahání hrůzu i jiným lidem, i když z počátku si ani neuvědomují, že Ona skutečně existuje.