Seriál vypráví o třináctiletém chlapci, Jadenovi Yukimu, kterému se plní sen a vstupuje do Duel Academy (Akademie Duelu), kde se bojuje s kartami Yu-Gi-Oh!, které při hře 'ožívají'. Přes všechny jeho dobrodružství se potkává s přáteli Syrusem, Chumleyem, Alexis, Zanem, Bastionem a dalšími, ale jsou zde také lidé, kteří Jadena nebou mít moc rádi, jako např. Dr. Vellian Crowler, který ve škole zastupuje rektora. V dalších epizodách seriálu přichází další nepřátelé, např. Shadow Riders (jezdci stínu), kteří se snaží zničit svět.