Píše se rok 1958. Mladá uklízečka Anna je poslána do opuštěného sirotčince St. Ange kdesi ve francouzských Alpách. Ke svému překvapení zjistí, že zde stále žije jeden sirotek, Judith. Anna se pustí do úklidu. Jak postupuje osamělým domem, začnou se jí dít podivné věci, například slyší kroky a hlasy dětí v liduprázdných chodbách. Kuchařka, která je v sirotčinci spolu s ní, nic neslyší, ale zato se obává o Annino duševní zdraví...

V době před druhou světovou válkou narazí plachý profesor lingvistiky Dominic (Tim Roth) na převratnou teorii a zázračně objeví tajemství života. Dominicovo fyzické uzdravení je spojeno i s rozvojem vysokého intelektu, v důsledku čehož začne přitahovat pozornost vědců. Okolnosti s tím spojené ho donutí dát se na útěk, během něhož se znovu setkává se svou bývalou láskou Laurou. Pracuje na dokončení svého výzkumu a Lauřin život začíná být ohrožen. Dominik je nucen volit mezi svou životní prací a velkou životní láskou.

Příběh filmu se odehrává v roce 1925 na rumunsko-bulharské hranici v jižní Dobrudži, kam do odlehlé posádky přijíždí nový velitel se svou manželkou, třemi dětmi a vychovatelkou. Pod vlivem své ženy se zde zdánlivě slabošský kapitán vzepře nadřízeným a odmítne splnit nesmyslný rozkaz, podle nějž má pro výstrahu zastřelit několik nevinných bulharských vesničanů. Děj je rámován hlasem vypravěče, jednoho z kapitánových synů, vzpomínajícího na nezapomenutelné léto. Odvíjí se v pomalém tempu s důrazem na zčásti nostalgickou atmosféru zaniklé doby.

Film Constantina Costy-Gavrase byl volně inspirován hrou Rolfa Hochhutha, která se hrála v roce 1963 a poprvé veřejně pranýřovala papeže Pia XII. za jeho vazby a postoje k nacismu. Filmové drama Amen. splétá dva příběhy: skutečné postavy – poručíka SS Kurta Gersteina, který na vlastní oči, jako jeden z prvních viděl vyhlazování Židů v koncentračních táborech Belzec a Treblinka, a teatrální svět temných stínů Vatikánu a jejich diplomatických her. Tyto dva příběhy jsou spojeny fiktivní postavou mladého jezuitského kněze Fontany, který se snaží zprostředkovat poznatky a svědectví Vatikánu tak, aby mohl Svatý otec veřejně deklarovat postoj církve k židovské genocidě.