Na počátku démonický zloduch a polykač duší Shang Tsung různými úskoky přiláká na palubu starobylé plachetnice skupinu bojovníků – mnicha Liu Kanga, který chce pomstít smrt svého mladšího bratra, herce Johnnyho Cage, kterého už nebaví hrát v hloupých filmech, policistku Sonju Bladeovou, která pronásleduje nebezpečného zločince. Loď trojici odveze do jiné dimenze, kde se má na tropickém ostrově celý turnaj konat. Jejich rádcem a duchovním vůdcem se stane mystický Lord Rayden, bůh hromu a blesku. Ten hrdinům odhalí, že jejich vítězství či prohra rozhodne o příští budoucnosti světa, protože nejde o obyčejný turnaj, ale o mystické střetnutí dobra a zla.

Mortal Kombat 2 je novým dobrodružstvím, které začíná tam, kde předchozí film skončil. Odvážní bojovníci musejí opět čelit protivníkům ve službách nelidského Shao Khana, vládce Vnějšího světa, který prorazil vesmírný tunel mezi Vnějším světem a Zemí, aby ji ovládl. Jeho Armádu temnoty vedou nemilosrdní bojovníci s nadpřirozenými schopnostmi – Sindel, kdysi krásná královna, nyní hrozné ztělesnění smrti, obrovský kentaur Motaro a ninja Ermac, mistr telekinetických sil.