V době, kdy se svět nachází uprostřed průmyslové revoluce, se objeví monstrum, které nelze porazit, pokud neprorazíme jeho srdce chráněné vrstvou železa. Tím, že netvor infikuje lidi svým kousnutím, dokáže vytvořit agresivní a nemrtvé tvory známé jako Kabane. Na ostrově Hinomoto, který se nachází na dálném východě, si lidé postavili stanice, aby se před těmito tvory ukryli. Lidé se na stanice dostávají a také mezi nimi přepravují zboží pomocí lokomotivy poháněné párou, která se nazývá Hayajiro. Ikoma, chlapec, který žije ve stanici Aragane a pomáhá stavět Hayajiro, si vytvoří vlastní zbraň zvanou Tsuranukizutsu, aby mohl nestvůry porazit. Jednoho dne, když čeká na příležitost použít svou zbraň, potká dívku jménem Mumei, která je omluvena z povinné prohlídky Kabane. Během noci se Ikuma s Mumei setkává znovu, když vidí, jak se Hayajiro vymyká kontrole. Obsluha na lokomotivě se proměnila ve stvůry. Stanice, na kterou nyní útočí Kabane, je příležitostí, kterou Ikoma hledal.

Ve světě, kde magie není pohádkou, ale existuje už sto let, se sourozenci Tatsuya a Miyuki Shiba připravují na zahájení studia na elitní Soukromé střední škole spojené s Magickou univerzitou (zkráceně Magická střední škola). Vstupem na různé úrovně akademického spektra se kdysi poklidný kampus změní v chaotický.