Letopočet se momentálně zaseknul na čísle 2071 a zářivá budoucnost stále nikde. Lidstvo si zatím krátí čekání na světlé zítřky osidlováním Sluneční soustavy, k čemuž mu pomáhají obří teleporty umístěné na oběžných drahách. Éra kolonizace vesmíru ovšem víc než co jiného připomíná divoký západ s meziplanetárními bandity, smrtícími kráskami a pistolníky s přesnou muškou. Tímto světem líně proplouvá kosmická loď Cowboy Bebop, jejíž posádku tvoří věhlasná parta nejdrsnějších lovců odměn - bezstarostný dlouhán Spike Spiegel, ostřílený bývalý polda Jet, kráska s temnou minulostí Faye Valentine, nezletilá hackerka Ed a inteligentní pes Ein.

Keitaro a jeho láska z dětství si slíbí, že než se odstěhuje z jeho života, budou přijati na prestižní univerzitu Toudai a setkají se. O deset let později se z Keitara stává umělec a snílek, který se v celostátní praktické zkoušce umístil na 27. místě od konce. Když jeho babička opustí dívčí kolej, stane se správcem ubytovny a brzy se setká se dvěma uchazečkami o studium na Tódai, které možná byly tou jeho milou, protože její jméno už zapomněl. Pak jsou tu další nájemníci jako mladá Šinobu, která si zoufala, dokud jí Keitaro nepomohl, mistryně meče Motoko, která vidí muže jako zlé rozptýlení, Su Kaolo, geniální dětský vynálezce, a lstivá Kitsune.