Mladá Milly je poslána z roku 2084 do roku 2002, aby zabila mimozemského vetřelce, který rozpoutá válku, která zničí lidstvo. Připlete se do cesty Mijamotovi, který už několik let jde po mafiánovi Mizogučim. Ten obchoduje s orgány malých dětí a má na svědomí smrt Mijamotova kamaráda. Ač nerad, tak jej Milly přinutí ke spolupráci. Když však má dojít k vše ukončujícímu výstřelu, Milly si uvědomí, že válku rozpoutali sami lidé, kteří malého mimozemšťana odmítli vrátit mateřské lodi. Milly s Mijamotem se rozhodnou vrátit jej za každou cenu. Mijamoto má o důvod víc, když zjistí, že mimozemšťana unesl Mizogučin, který cítí, že by z únosu a případné války mohl mít finanční prospěch.

Válečník Kenšin Himura, který se zřekl násilí, se zdráhavě pouští do boje se zločinným zabijákem, který chce za pomoci nájemných vrahů svrhnout vládu císaře Meidžiho.

Kenšin se u svého mistra učí nejnovější techniky, které bude potřebovat, aby zabránil Šišiovi svrhnout vládu a vydat Japonsko napospas chaosu.

Od poslední Battle Royale, která skončila ne úplně podle pravidel, už uplynuly tři roky. Shuya Nanahara a Noriko Nakagawa byli stíháni pro vraždu učitele a porušení několika zákonů, tyhle prohřešky však dávno vybledly tváří v tvář jejich dalším činům. Nanahara totiž založil hnutí odporu a vyhlásil válku všem dospělým. Pravidelně přes internet vysílá do počítačů japonské mládeže svá poselství, často doplněná teroristickými útoky. Nanaharova armáda, složená většinou ze sirotků a dorostenců oddaných jeho věci, se tak rázem dostává na přední stránky novin a do zaměřovače samotné vlády.