Vyhlášená firma Mystery Inc., která se skládá ze samolibého elegána Freda, krásky Daphne, inteligentní obrýlené Velmy, chlapíka pro všechno Slaggyho a psa Scooby-Doo, který se svými pátracími schopnostmi blíží talentu Sherlocka Holmese, už vyřešila nejednu záhadu. I tentokrát se čtveřice kamarádů a jeden pes ocitají v nebezpečné akci a musí odhalit tajemství, jež se skrývá v zákulisí jistého klubu.

Světová organizace IBI má pod kontrolou všechny světové zdroje i státní ekonomiky. V zájmu udržení své moci začne vytvářet lidské klony. Projekt pod názvem Chameleon produkuje výjimečné agenty, kteří jsou schopni měnit svou podobu. První a nejlepší z nich je Kam. Na jedné ze svých nejdůležitějších misí, jejímž cílem je získat čip vyvinutý tajnou společností, však Kam opustí své stvořitele. Spolu s Ghennelem, chlapcem, jehož rodiče zabili v průběhu akce, se snaží najít cestu na Venkov, kde by cenný čip dokázali využít vzbouřenci proti Organizaci. Cortez, ředitel společnosti a Kamin stvořitel, pověří nalezením čipu i obou uprchlíků děsivého lovce lidí jménem Quinn.

To je něco! Taková monstrózní parta příšer tady ještě nebyla! Dejte ty nechuťáky dohromady se Scooby-Dooem a ostatními ze společnosti Záhady s.r.o., a získáte dokonalý recept na rodinnou zábavu. Maskovaný mizera se rozhodne zničit městečko Coolsville strojem, který vytváří skutečné verze dřívějších nepřítel společnosti Záhady s.r.o. jako Megavoltič, Cukrový vatovec, Kostrouni a Pteroduchtyl. Fred, Daphne, Shaggy, Velma a Scooby-Doo se pustí do vyšetřování, které zanechá v Shaggym a Scoobym pochybnosti o jejich roli v Záhadách s.r.o. Čelí nedočkaví předvést své detektivní schopnosti, vymyslí svůj tajný plán, jak celou záhadu vyřešit. Dokážou všichni společně rozmotat jejich nejspletitější případ?