„Příběh zázraků a lásky“ se točí kolem dívky jménem Mitsuha a chlapce jménem Taki. Mitsuha je studentkou střední školy, která žije spolu se svou mladší sestrou a babičkou v málem městečku hluboko v horách. Mitsuha je dcerou zdejšího starosty, který je velmi přísný a obzvláště nyní, když se blíží další volby, chce, aby se jeho dcera chovala vzorně. Dívka je také svazována spoustou tradic spojených s tím, že se její rodina po několik generací stará o šintoistickou svatyni ve městě. Není tedy divu, že Mitsuha svůj život velmi těžce snáší a sní o nádherném životě ve velkém městě jakým je Tokio. V centru Tokia žije Taki, student střední školy, který tráví svůj volný čas se svými přáteli, nebo na brigádě v italské restauraci, kde pracuje jako číšník. Takiho velkým koníčkem je architektura a výtvarné umění. Jednoho dne má Mitsuha velmi živý sen, ve kterém je chlapcem v centru Tokia. Taki má také zvláštní živý sen, ve kterém je mladou studentkou v malém městečku v horách, kde nikdy nebyl…

Pokračování epického dobrodružství odvážných Riko a Rega, ke kterým se připojil jejich nový přítel Nanači. Společně sestupují do zrádné páté vrstvy Propasti, Moře mrtvol, a setkávají se s tajemným Bondrewdem, legendární Bílou píšťalou, jejíž stín se vznáší nad Nanachiho pohnutou minulostí. Bondrewd je nevtíravě pohostinný, ale odvážní dobrodruzi vědí, že v tajemné Propasti není vždy vše tak, jak se zdá.