Ve společenstvu duší (Soul Society) má speciální jednotka problémy s mezidimensionálními průzkumníky, kteří záhadně zemřeli v průchodu mezi světy. Při této události se najednou nad Seireitei objevuje obraz do města ve světě lidí - Karakura. Tam hlavní hrdina celého anime Ichigo Kurosaki s Kuchiki Rukiou klasicky poráží hollowy, ale zároveň se ve spojitosti z obrazu ve městě objevují hordy podivných duchů, na které nelze použít duševní pohřeb. Přitom Ichigo s Rukiou potkají podivnou bohyni smrti Sennu, která si záhadně vzpomíná na svoji minulost člověka. Ale co vlastně způsobuje ten obraz a duchy? Mezi společenstvem duší a lidským světem se vytvořil další svět, kde sídlí skupina Dark One, která se snaží získat Memory Rosary. Ovšem co, nebo spíše kdo je Memory Rosary... to se nejdříve musí zjistit!

V roce 2024 byl ředitel Serano Genomics Ernest Serano unesen a propuštěn. Tuto událost zapříčinil hacker známý jako Vysmátý muž (The Laughing Man), jenž je nejnebezpečnějším hackerem v očích veřejnosti. O šest let později se Sekce 9 během vyšetřování tohoto hackera ocitá uprostřed spiknutí zkorumpovaných členů vlády. Vysmátý muž se se schopností nahackovat kybermozky a ovládat tak lidi vrátil a jeho motivy jsou převážně nejasné. Celá Sekce 9 tedy závodí s časem. Snaží se rozřešit původ Vysmátého muže a rozplést spiknutí velkých korporací, které hrají velkou roli v jeho plánech. Tento příběh je spojení všech důležitých událostí v případu okolo Vysmátého muže, které se odehrály v prvním seriálu GHOST IN THE SHELL: STAND ALONE COMPLEX

Pokračování seriálu Ghost in the Shell: Stand Alone Complex odehrávající se 2 roky po konci 2. série. Motoko Kusanagi mezitím opustila Sekci 9 a novým velitelem týmu se tak stal Togusa. Sekce 9 vyšetřuje sérii zdánlivě nesouvisejících incidentů, ale vyšetřování ukáže, že za vším nejspíš stojí jediný pachatel, hacker s přezdívkou "loutkář". Batou navíc odhalí, že i Motoko je do celého případu nějak zapletena. Mohla by právě ona být hledaný hacker?

V Rádži, malé zemi západně od Bouře, se rozhoří dlouholeté spiknutí kolem tajemné moci, kterou vládne královna. Když slizoun, který se vyvinul v Pána démonů jménem Rimuru Tempest, zkříží cestu Hiirovi, přeživšímu příslušníkovi rasy Ogrů, začíná neuvěřitelné dobrodružství plné nových postav. Síla pout bude podrobena zkoušce!

V roce 2045, po ekonomické katastrofě známé jako Synchronizovaný globální default, rychlý vývoj umělé inteligence přivedl svět do stavu "udržitelné války". Veřejnost si však neuvědomuje hrozbu, kterou UI představuje pro lidskou rasu. Kompilační film s nově přidanými záběry.

V poslední době se zvýšil v japonském městě New Port počet teroristických útoků. Útok na čínské velvyslanectví, sebevražedné atentáty, zabití slavného kyber-rappera, vražda prezidenta banky (podporoval uprchlíky) a mnoho dalších. K těmto zločinům se hlásí teroristická organizace Jedenáct jednotlivců (Individual Eleven). Sekce 9 se postaví těmto teroristům a k tomu všemu se proti nim staví i lidé, kteří by měli být na jejich straně. Postupem času se Sekce 9 zamotává do velmi složitého případu - Kuze Hideo, uprchlíci, Vládní zpravodajská agentura - strategická vyšetřovací komise a hrozba státního převratu. Sled všech hlavních událostí, týkajících se případu Jedenácti jednotlivců z GHOST IN THE SHELL: STAND ALONE COMPLEX 2ND GIG, je spojen do celku