Temný, dosud nevyprávěný příběh Steins;Gate, v jehož čele stojí excentrický šílený vědec Okabe, který se snaží vzpamatovat z neúspěšného pokusu o záchranu Kurisu. Rozhodne se vzdát a opustí své živé vědecké alter ego ve snaze zapomenout na minulost. Když už se zdá, že je vše v pořádku, zdánlivě ho do minulosti vtáhne setkání s Kurisuovým známým, který mu řekne, že začali testovat zařízení, které uchovává paměť člověka a vytváří jeho simulaci s jeho vlastnostmi a osobností. Okabe začne testovat a zjistí, že simulace Kurisu přinesla zpět trápení a několik nových nečekaných tragédií. Zero je vedlejší příběh, který zkoumá události z budoucnosti Beta Attractor Field, které přispěly k tomu, že se konec původního příběhu mohl uskutečnit.

Skupina přátel upravila svou mikrovlnnou troubu tak, aby mohla posílat textové zprávy do minulosti. Když provádějí různé experimenty, vystopuje je organizace SERN, která provádí vlastní výzkum cestování v čase, a postavy teď musí najít způsob, jak se vyhnout jejich zajetí.