Když se čestný samuraj Raizó Kimura dozvěděl, že otec jeho snoubenky je zapletený do obchodu s opiem, tak se rozhodl rázně jednat a svého budoucího tchána zabil. Brzy se však ukazuje, že byl oklamán jiným mocným mužem, který mu tuto informaci podstrčil a nyní se ho chce zbavit. Život mladého samuraje však zachrání tajemný Júen Usui, který spolu se svojí partou plní nejrůznější nebezpečné úkoly a jedním z nich, který paradoxně dostali od muže, kterého Raizó zabil, bylo rozkrýt a zničit opiové podsvětí v Nagasaki. Raizó s Júenem se rozhodnou spojit, protože Júen stále cítí povinnost splnit zadaný úkol a Raizó se zase chce pomstít za zradu. To je však pouze první ze společných misí, která tuto dvojici a jejich kumpány čeká…

Tomoya Okazaki je studentem třetího ročníku střední školy, který je nespokojený se svým životem. Jeho matka zemřela při autonehodě, když byl mladší, a jeho otec se proto uchýlil k alkoholu a cigaretám. To vede k hádkám mezi nimi, až si Tomoya při rvačce poraní rameno. Od té doby má Tomoya s otcem odtažité vztahy, což způsobilo, že se z něj časem stal delikvent. Při procházce do školy potká zvláštní dívku Nagisu Furukawu, která je o rok starší, ale kvůli nemoci se opakuje. Kvůli tomu je často sama, protože většina jejích kamarádů se odstěhovala. Oba se začnou stýkat a postupem času Tomoya zjišťuje, že se jeho život pomalu posouvá novým směrem.

Sonic a jeho přátelé se spojí s dvanáctiletým Christopherem, aby posbírali všechny smaragdy Chaosu a porazili zlého Dr. Eggmana.