Luke fon Fabre, rozmazlený syn šlechtice z království Kimlasca-Lavaldear, je od chvíle, kdy ho před sedmi lety unesla konkurenční země, Malkuthská říše, zavřený v otcově sídle. Nyní Lukovi chybí vzpomínky na život, který vedl předtím, a od té doby na něj volá podivný hlas, který slyší jen on. Jednoho dne, když trénuje se svým mentorem Vanem Grantsem, vnikne do sídla podivná žena jménem Tear s jediným úmyslem - připravit Vana o život. Během boje je Luke spolu s Tear přenesen daleko od domova a nyní, když Luke konečně získal svobodu, o které snil, to, co ho čeká ve vnějším světě, rozbije vše, co o sobě kdy věděl.

Skupina přátel upravila svou mikrovlnnou troubu tak, aby mohla posílat textové zprávy do minulosti. Když provádějí různé experimenty, vystopuje je organizace SERN, která provádí vlastní výzkum cestování v čase, a postavy teď musí najít způsob, jak se vyhnout jejich zajetí.

Temný, dosud nevyprávěný příběh Steins;Gate, v jehož čele stojí excentrický šílený vědec Okabe, který se snaží vzpamatovat z neúspěšného pokusu o záchranu Kurisu. Rozhodne se vzdát a opustí své živé vědecké alter ego ve snaze zapomenout na minulost. Když už se zdá, že je vše v pořádku, zdánlivě ho do minulosti vtáhne setkání s Kurisuovým známým, který mu řekne, že začali testovat zařízení, které uchovává paměť člověka a vytváří jeho simulaci s jeho vlastnostmi a osobností. Okabe začne testovat a zjistí, že simulace Kurisu přinesla zpět trápení a několik nových nečekaných tragédií. Zero je vedlejší příběh, který zkoumá události z budoucnosti Beta Attractor Field, které přispěly k tomu, že se konec původního příběhu mohl uskutečnit.