Studenti třídy 3-E mají za úkol zabít svého učitele před maturitou. Už zničil Měsíc a slíbil, že zničí Zemi, pokud nebude do roka zabit. Ale jak může tato třída ztroskotanců zabít chapadlovité monstrum, schopné dosáhnout rychlosti Mach 20, které může být tím nejlepším učitelem, jakého kdy měli?

Zvláštními schopnostmi obdařený chlapec Touma se spojí s řádovou sestrou Index proti silám zla a společně pátrají po magických textech uložených v paměti Index.

Mikoto má zvláštní schopnost. Dokáže ovládat elektřinu. A tou se snaží udržovat pořádek v Akademickém městě, kde většinu obyvatel tvoří studenti s magickými schopnostmi.